Donnerstag, 27. Juni 2019
Navigation öffnen
Anzeige:

Medizin

02. Mai 2019 BacDive: Uneingeschränkter Zugang zu mikrobiologischen Forschungsdaten

Bereits seit 2012 entwickeln die Bioinformatiker der DSMZ mit BacDive (the Bacterial Diversity Metadatabase) eine weltweit einzigartige Datenbank, die bisher nicht verfügbare Daten von Bakterien und Archaeen frei zugänglich macht. Die Entwicklung folgt dabei den FAIR-Prinzipien, nach denen wissenschaftliche Daten auffindbar, zugänglich, interoperabel und wiederverwendbar (Findable, Accessible, Interoperable, Re-usable) sein sollen.
Die Wissenschaftler Dr. Lorenz Reimer, Joaquim Sardà und Prof. Dr. Jörg Overmann vom Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen haben mit der Aktualisierung im April 2019 die Datenbank BacDive umfassend erweitert. Die Nutzungsmöglichkeiten von BacDive (https://bacdive.dsmz.de) werden kontinuierlich erweitert, aktuell können Wissenschaftler über 600 Datenfelder für die Suche nach mikrobiologischen Informationen nutzen. Das Repertoire umfasst neben den initialen Speziesbeschreibungen und Stoffwechselprofilen auch Daten über enzymatische Aktivitäten und Antibiotikaresistenzen. Darüber hinaus bietet BacDive mit 9.000 Analytical Profile Tests (API) für über 5.000 bakterielle Stämme die größte öffentlich verfügbare API-Datensammlung weltweit.
 
Mikroskopiebild des Bakteriums Cystobacter ferrugineus (DSM 14716) (© DSMZ)
Mikroskopiebild des Bakteriums Cystobacter ferrugineus (DSM 14716) (© DSMZ)


Integration von externen Daten und Interoperabilität

Um der Wissenschaft eine umfassende Datenbank bieten zu können, pflegen die DSMZ-Wissenschaftler kontinuierlich auch die mikrobiologischen Metadaten anderer europäischer Stammsammlungen in BacDive ein. Mit dem aktuellen Update integrierte die DSMZ beispielsweise Daten von mehr als 19.505 Bakterienstämmen der schwedischen Sammlung Culture Collection University of Gothenburg (CCUG). Somit sind in BacDive aktuell Informationen zu 80.584 Bakterien und Archaeen abrufbar. Für die wissenschaftliche Arbeit mit quellenübergreifenden Datensätzen müssen die verschiedenen Informationsquellen möglichst direkt über eindeutige Identifikatoren verknüpft sein. Dazu wurden z.B. direkte Links zu der 16S rRNA Sequenz eines Bakterienstammes in der Datenbank SILVA oder zu den an Stoffwechselreaktionen beteiligten Enzymen in der Datenbank BRENDA eingerichtet. Über Verlinkungen in PubMed, NCBI Taxonomy, NCBI Nucleotide, aber auch in Speziesbeschreibungen von Wikipedia gelangen Nutzer zu den strukturierten Metadaten in BacDive.

Quelle: Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH


Das könnte Sie auch interessieren

Grippewelle beginnt: DAK-Gesundheit schaltet Hotline

Grippewelle beginnt: DAK-Gesundheit schaltet Hotline
© Photographee.eu / Fotolia.com

Die Grippesaison hat begonnen: Laut aktueller Daten des Robert Koch-Instituts gibt es bereits einen leichten bundesweiten Anstieg von Erkrankungen. Bisher wurden 1.122 Fälle labordiagnostisch bestätigt und gemeldet(1) – die Zahl der tatsächlich Betroffenen ist deutlich höher. Influenza ist eine ernste Krankheit: Bei alten und chronisch kranken Menschen kann sie zum Tod führen. Deshalb bietet die DAK-Gesundheit eine Telefon-Hotline rund um die Grippe. Wie kann man vorbeugen? Für wen ist die Impfung sinnvoll? Welche Risiken gibt es? Wie unterscheidet sich...

Steigende Zahl älterer Menschen mit Diabetes Typ 1 und Typ 2

Steigende Zahl älterer Menschen mit Diabetes Typ 1 und Typ 2
© Robert Kneschke / Fotolia.com

Aktuell sind in Deutschland rund 17 Millionen Menschen älter als 65 Jahre. Die Zahl wird aufgrund der sich verändernden Altersstruktur auf voraussichtlich 22 Millionen im Jahr 2030 anwachsen. Die Anzahl der Hochbetagten (80 Jahre und älter) wird von derzeit vier Millionen auf sechs Millionen im Jahr 2030 ansteigen. Gleichzeitig erkranken immer mehr Menschen an Diabetes Typ 2, so dass Diabetologinnen und Diabetologen sowie Pflegende künftig viele geriatrische Patienten mit Diabetes versorgen werden: Es ist davon auszugehen, dass in Deutschland derzeit rund vier Millionen...

Weltnierentag 2017: Übergewicht geht an die Nieren!

Weltnierentag 2017: Übergewicht geht an die Nieren!
© pixologic / Fotolia.com

Am 09. März ist Weltnierentag: Ziel des weltweiten Aktionstags ist es, die Prävention von Nierenerkrankungen in den Vordergrund zu stellen. Derzeit sind über 100.000 Menschen in Deutschland auf ein Nierenersatzverfahren - Dialyse oder Transplantation – angewiesen. Ein Nierenversagen kann grundsätzlich jeden treffen, besonders gefährdet sind allerdings Menschen mit Übergewicht. Die Zahl der durch Übergewicht verursachten Nierengewebsschäden hat sich in den vergangenen 30 Jahren bereits verzehnfacht!

Grippeviren im Anmarsch - Tipps zum Schutz vor Ansteckung

Grippeviren im Anmarsch - Tipps zum Schutz vor Ansteckung
© ERGO Group

Jedes Jahr aufs Neue rollen gegen Ende des Jahres die ersten Grippewellen an: Laut dem Robert-Koch-Institut erkranken während einer saisonalen Grippewelle in Deutschland zwischen zwei und zehn Millionen Menschen. Dr. Wolfgang Reuter, Gesundheitsexperte der DKV Deutsche Krankenversicherung, erklärt den Unterschied zwischen Erkältung und echter Grippe, der sogenannten Influenza. Zudem gibt er Tipps zu Schutzmaßnahmen gegen Grippeviren.

Sie können folgenden Inhalt einem Kollegen empfehlen:

"BacDive: Uneingeschränkter Zugang zu mikrobiologischen Forschungsdaten"

Bitte tragen Sie auch die Absenderdaten vollständig ein, damit Sie der Empfänger erkennen kann.

Die mit (*) gekennzeichneten Angaben müssen eingetragen werden!

Die Verwendung Ihrer Daten für den Newsletter können Sie jederzeit mit Wirkung für die Zukunft gegenüber der rsmedia GmbH widersprechen ohne dass Kosten entstehen. Nutzen Sie hierfür etwaige Abmeldelinks im Newsletter oder schreiben Sie eine E-Mail an: info[at]rsmedia-verlag.de.